Im Februar 1959 wurde Hans Fürcho vom Leitungsgremium der Christengemeinschaft nach Lindau entsandt, wo bereits im Oktober 1959 die Krell'sche Kapelle angemietet werden konnte. Um den Bodensee herum wurde von Lindau aus an verschiedenen Orten die Menschenweihehandlung zelebriert.

In Überlingen wurde mit dem Bau einer Waldorfschule begonnen. Aus dem Gründungskollegium kam die Anfrage nach Religionsunterricht der Christengemeinschaft. Dr. Friedrich Doldinger, der damalige Lenker, und Karl Hublow, seinerzeit Pfarrer in Konstanz, waren aus gesundheitlichen Gründen für diese Aufgabe nicht verfügbar. So entschloss sich Hans Fürcho zum Umzug von Lindau nach Überlingen. In der Folge wurde in Lindau die Krell'sche Kapelle aufgegeben. Der Lindauer Gemeindeimpuls verlagerte sich nach Wangen im Allgäu.

Ab 1973 wurde in Überlingen in der Schreibersbildstraße sonntags im Wohnzimmer der Familie Fürcho die Menschenweihehandlung gehalten (wochentags in der Garage).

Das soziale Umfeld wurde damals durch die anthroposophische Heilpädagogik gebildet: 1973 bestanden bereits die Camphill Schulgemeinschaften Brachenreuthe und Föhrenbühl und die Dorfgemeinschaft Lehenhof. Die Dorfgemeinschaft Lautenbach nahm gerade ihre Arbeit auf.

Ein zweiter Pfarrer kam hinzu: David Schwarz, der sich in der Camphill-Dorfgemeinschaft Lehenhof ansiedelte. Die Leitung der Christengemeinschaft und die Mahle-Stiftung in Stuttgart machten Mut, in Verhandlungen über einen Kirchenbau mit der Stadt einzutreten. Den Kirchenbau-Entwurf fertigte Wilfried Ogilvie an, die Ausführung oblag im Wesentlichen der Alanus-Bauhütte.

Wenn z. B. bei Konfirmationen das Fürcho'sche Wohnzimmer zu klein war, wich man ab 1976 in die neu gebaute Kapelle in Lautenbach aus, wo auch sonst regelmäßig zelebriert wurde.

Kanzel, Altar, Eingangstür, Portal, Altarleuchter und zuletzt das Altarbild wurden unter der Leitung von Wilfried Ogilvie gefertigt. Die in reliefgeformtem Sandbett geschmolzenen Klarglasplatten wurden in die gewölbten Außenwände eingesetzt. Aus Kostengründen musste zunächst auf farbige Glasfenster verzichtet werden.

Als Pfarrer Hans Fürcho Überlingen verließ, veranlasste Dagmar Schröter die Abdämpfung der hellen Kirchenfenster durch eine innen vorgesetzte Bleiverglasung in Scharlachrot. Im selben Jahr kamen Volker Dauner und 1985 Alfred Wohlfeil hinzu, der vorher in Lautenbach in der Heilpädagogik gewirkt hatte. Volker Dauner übernahm später die Arbeit in Konstanz.

Ein Umbruchsjahr für die Gemeinde: Alfred Wohlfeil sollte eine Aufgabe in Stuttgart übernehmen – doch Anfang August verstarb Dagmar Schröter plötzlich. Hans Matschoß musste nun allein die Gemeindearbeit bewältigen. In den Folgejahren kamen mehrere neugeweihte Priester, die jeweils nur wenige Jahre blieben: Nicholas und Michaela Wijnberg, Milan Horák, Susanne Hörtreiter. Im Jahr 2000 zog als Senior Pfarrer Hartmut Wittkowsky mit seiner Frau Mairis nach Überlingen.

Die Lage stabilisierte sich: Im Frühjahr kamen Michael Bruhn und Aaron Mirkin nach Überlingen. Dafür kam auch Hellmut Voigt nach zwanzig Jahren Gemeindearbeit in Rostock nach Überlingen. Nachdem ab dem Jahr 2000 die neue Wohnstätte „Haus Rengold" Bewohner aufnahm, wuchs der Gemeinde eine zusätzliche Menschengruppe zu.

Das Verhältnis zur Waldorfschule verbesserte sich zusehends: Wieder wurden in jeder Klasse der zweizügigen Waldorfschule zwei Wochenstunden Religionsunterricht gegeben, auch dank der Religionslehrerin Maria Kreuer.

Im Zugehen auf das 25-jährige Kirchenjubiläum wurden einige Projekte angepackt: Das äußere Erscheinungsbild des Kirchengebäudes wurde verbessert, und die Kirche erhielt endlich einen Namen: Emmaus-Kirche – bezogen auf die Kirchenfenster-Mittelmotive nach dem Auferstehungsgeschehen aus Lukas 24.

Vom 7. bis 9. April 2006 gab es ein großes Fest mit vielen namhaften Gästen. Außerdem wurden auf Initiative von Michael Bruhn und Hellmut Voigt die oberen Felder der Kirchenfenster von der roten Innenverglasung befreit – der Weiheraum erstrahlte in neuem Licht.

Zwei bedeutsame Ereignisse: Im Juni kam Pfarrerin Ilse Wellershoff-Schuur dazu, vorher in Hannover tätig. Pfarrer Hans Matschoß war durch seine schwere Krankheit zunehmend arbeitsunfähig geworden – er starb im Frühling 2014.

Im November wurde der komplizierte Prozess mit den farbigen Kirchenfenstern abgeschlossen: Über zwölf Wochen setzte Wilfried Ogilvie die weiterentwickelten Entwürfe mit der neuen Glasfließtechnik in der Werkstatt von Andreas Dierig um. Zum Advent konnte die neue Farbenfülle in den Kirchenraum einziehen.

Michael Bruhn wurde nach Berlin-Wilmersdorf berufen. Im Herbst 2009 kam Jean-Marie Falcone dazu. Im Herbst 2010 übernahm D. Einsdorf einen großen Teil des Religionsunterrichts.

Im März 2011 brachte ein Erfahrungsbericht aus Bern die Initialzündung: Wir wollen auch eine Orgel! Ein fruchtbarer Prozess begann, der zum 33-jährigen Kirchweih-Jubiläum 2014 in der Einweihung einer neuen Orgel von Peter Kraul gipfelte.

Im August 2011 verstarb der Erzoberlenker der Christengemeinschaft i. R. Taco Bay. Im November 2011 wurde Hellmut Voigt zum Regionallenker für Südwestdeutschland berufen.

Von Ostern 2011 bis Ostern 2015 gab es in Überlingen das „Proseminar am Bodensee" – verantwortet von Ilse Wellershoff-Schuur – mit insgesamt 22 Teilnehmern in vier Studienjahren.

Im Herbst 2012 kam die Gemeinde in Villingen-Schwenningen als Filiale in die Gemeindeverantwortung von Überlingen. Jean-Marie Falcone musste die Gemeinden jedoch 2013 verlassen. Sein Nachfolger wurde Georg Schaar, der vorher elf Jahre in Jena tätig gewesen war. Seine Ehefrau Ulrike übernahm Aufgaben im Religionsunterricht.

Im Frühling kam eine weitere Kollegin: Johanna Taraba (später Besuch). Den beiden wurden im Laufe ihrer fünfjährigen Zeit in Überlingen drei Kinder geboren. Am 18. Februar 2018 wurde Jakob Besuch geweiht und kam als neuer Kollege hinzu.

Ab 2014 unterstützte außerdem der emeritierte Pfarrer Frank Peschel das Kollegium.

Maria Kreuer verließ Überlingen altershalber (2016). Regine Bruhn übernahm zunehmend Religionsunterricht – schließlich konnte das Angebot bis zur 10. Klasse ausgebaut werden.

Im Jahr 2018 wurden der Altar und die Kanzel farblich neu gestaltet. Ilse Wellershoff-Schuur wurde zum 01.01.2019 von der Gemeindeverantwortung freigestellt. Als neue Kollegin kam Kristin Kuhn in die Gemeinde.

Im Mai 2019 verließ die Pfarrerfamilie Besuch Überlingen Richtung Jena. Als Nachfolger kam Hieronymus Rentsch – vorher in Würzburg tätig.

Beim 40-jährigen Kirchweih-Jubiläum wurde der Veränderungen der vergangenen fünfzehn Jahre gedacht. Im Frühjahr kam Gwendolyn Fischer als emeritierte Kollegin nach Überlingen.

Georg Schaar beendete zu Ostern seine Tätigkeit in Überlingen und wandte sich seiner neuen Aufgabe als Leiter des Stuttgarter Priesterseminars zu. Hellmut Voigt übergab im April das Amt des Regionallenkers Südwestdeutschland an seine Karlsruher Kollegin Irma Beridze-Gössler.

Im April wurde Pfarrerin Ines Kolb in die Gemeinde entsandt. Mit ihr, Kristin Kuhn und Hieronymus Rentsch sind wieder drei Gemeindepfarrer tätig – verstärkt durch Hellmut Voigt mit einer halben Pfarrstelle sowie die freigestellte Ilse Wellershoff-Schuur und Gwendolyn Fischer.

Im Frühjahr übersiedelten Ilse Wellershoff-Schuur und ihr Ehemann Heinrich Schuur nach Oldenburg. Die Gemeinde verlor damit zwei überaus tätige Menschen.

Die Beleuchtung im Kirchenraum wurde durch vier Leuchtkörper aus der Werkstatt Kraul verbessert.